マイナンバーと個人の情報の紐づけ誤りが相次いで明らかになり、国はマイナンバー情報の総点検を進めています。
そもそもシステムや運用上の理由から、特に市町村以外が情報をひも付ける場合に誤登録が起こりやすいとの懸念があり、マイナンバーの扱いに慣れない機関が手入力でひも付け作業を担う限り、今後もひも付け誤りの発生が起こることは想定されます。

宮崎県では2023年7月12日、知的障害者向けに発行する障害者手帳の情報とマイナンバーのひも付けのいて全体の約4分の1にあたる2336件が誤登録となったことを報告しており、宮崎県障がい福祉課では2022年10月に障害者手帳情報とマイナンバーのひも付け登録作業を実施し、その際に作業ミスが起きたのですが、2336件の誤登録に気付いたのは2023年7月6日で、2023年6月20日付の国からの通知に基づきひも付け状況を確認した際に発覚しました。

誤登録に至ったのはひも付けデータ登録時の単純ミスだが、データの最終確認を行っていなかったため発覚が遅れ、市町村と比べると都道府県の方がひも付け誤りは起こりやすい。
市町村では「氏名」「生年月日」「住所」「性別」の4情報とマイナンバーが登録されている住民基本台帳システムを持っており、それぞれの業務システムと自動連携してマイナンバーを取得できるようにしていることが多いため、申請書からの転記や手入力の作業が少なく、ひも付けの過程で比較的ミスが起こりにくいのですが、住民基本台帳システムを持たない都道府県や医療保険者などほかの機関では、申請書から業務システムに入力するケースが多く、この際に、マイナンバーの記載がない場合、ひも付けを実施する機関が個人の氏名や生年月日などをもとに地方公共団体情報システム機構（J-LIS）に照会してマイナンバーを取得して登録することになります。